Transkriptom

Das Transkriptom ist die Summe aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle transkribierten, das heißt von der DNA in RNA umgeschriebenen Gene, also die Gesamtheit aller in einer Zelle hergestellten RNA-Moleküle.

Eigenschaften

Der Begriff ist vergleichbar mit dem Proteom, der Gesamtheit der zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle vorliegenden Proteine. Da aber nicht jede nach der Transkription vorliegende RNA, wie z. B. rRNA oder die RNA von Ribonukleoproteinen, in ein Protein übersetzt (translatiert) wird und mRNAs noch prozessiert werden können, sind Proteom und Transkriptom einer Zelle nicht identisch.

Zur Analyse des Transkriptoms wird in aller Regel auf Methoden wie eine RT-PCR mit degenerierten Primern zurückgegriffen, gefolgt von einem DNA-Microarray oder einer DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz (RNA-Seq). RNA-Protein-Interaktionen können mit Methoden wie RIP-Chip, CLIP-Seq, PAR-CLIP oder ICLIP untersucht werden.[1][2][3][4] Eine andere Methode, bei der auch die Aktivität unbekannter Gene beobachtet werden kann, ist die so genannte Serielle Analyse der Genexpression (SAGE) und SuperSAGE.

Unter dem Begriff der Transkriptomik versteht man die Studie der mRNA-Expression einer Zelle. Der Begriff ist eine Analogie zum Begriff Proteomik und synonym zur Genexpressionsanalyse.

Literatur

Volker Erdmann, Jan Barciszewski: RNA Technologies, Springer Berlin, 2012, ISBN 978-3642264900.

Einzelnachweise

Khalil AM, Guttman M, Huarte M, et al.: Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 106, Nr. 28, Juli 2009, S. 11667–72. doi:10.1073/pnas.0904715106. PMID 19571010. PMC 2704857 (freier Volltext).
Darnell RB: HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells. In: Wiley Interdiscip Rev RNA.. 1, 2010, S. 266–86. doi:10.1002/wrna.31.
Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.. In: Cell. 141, Nr. 1, 2010, S. 129–141. doi:10.1016/j.cell.2010.03.009. PMID 20371350. PMC 2861495 (freier Volltext).
J. König, K. Zarnack, G. Rot, T. Curk, M. Kayikci, B. Zupan, D. J. Turner, N. M. Luscombe, J. Ule: iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution. In: Nature Structural Molecular Biology (2010), Band 17, Ausgabe 7, S. 909–915. doi:10.1038/nsmb.1838. PMID 20601959; PMC 3000544 (freier Volltext).

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[1] Khalil AM, Guttman M, Huarte M, et al.: Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 106, Nr. 28, Juli 2009, S. 11667–72. doi:10.1073/pnas.0904715106. PMID 19571010. PMC 2704857 (freier Volltext).

[2] Darnell RB: HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells. In: Wiley Interdiscip Rev RNA.. 1, 2010, S. 266–86. doi:10.1002/wrna.31.

[pmid20371350-3] Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.. In: Cell. 141, Nr. 1, 2010, S. 129–141. doi:10.1016/j.cell.2010.03.009. PMID 20371350. PMC 2861495 (freier Volltext).

[4] J. König, K. Zarnack, G. Rot, T. Curk, M. Kayikci, B. Zupan, D. J. Turner, N. M. Luscombe, J. Ule: iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution. In: Nature Structural Molecular Biology (2010), Band 17, Ausgabe 7, S. 909–915. doi:10.1038/nsmb.1838. PMID 20601959; PMC 3000544 (freier Volltext).