PAR-CLIP

PAR-CLIP (engl. Photoactivatable-Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation, ‚Quervernetzung und Immunpräzipitation mit photoaktivierbaren Ribonukleotiden‘) ist eine Methode der Biochemie zur Bestimmung von Protein-RNA-Interaktionen.[1] Solche Interaktionen finden z. B. bei Ribonukleoproteinen und Mikro-RNA-enthaltenden Proteinkomplexen statt.

Prinzip

Die PAR-CLIP besteht aus einer Kombination einer UV-Quervernetzung, einer Immunpräzipitation, einer teilweisen Nukleolyse, einer RT-PCR und einer DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz. Die PAR-CLIP verwendet einen Einbau der UV-reaktiven Nukleosid-Analoga 4-Thiouridin (4-SU) und 6-Thioguanosin (6-SG) in vivo. Eine Bestrahlung der Zellen mit einer Wellenlänge von 365 nm führt zu einer Vernetzung mit den interagierenden Proteinen. Anschließend erfolgt eine Immunopräzipitation anhand des bekannten Proteins und eine RT-PCR der isolierten RNA. Die DNA-Sequenzen der erzeugten cDNA wird durch DNA-Sequenzierungen bestimmt.[1][2]

Die PAR-CLIP besitzt Ähnlichkeiten zur CLIP-Seq und zur iCLIP, welche ohne Nukleosid-Analoga auskommen. Der RIP-Chip verwendet einen Microarray anstatt der RT-PCR und der DNA-Sequenzierung. Die ChIP-Seq dient zur Untersuchung von Protein-DNA-Interaktionen und der ChIP-on-Chip dient zur Untersuchung von Protein-DNA-Interaktionen mit einem Microarray anstatt der DNA-Sequenzierung.

Weblinks

starBase database: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.
BIMSB doRiNA database: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.

Einzelnachweise

Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.. In: Cell. 141, Nr. 1, 2010, S. 129–141. doi:10.1016/j.cell.2010.03.009. PMID 20371350. PMC 2861495 (freier Volltext).
M. Hafner, M. Landthaler, L. Burger, M. Khorshid, J. Hausser, P. Berninger, A. Rothballer, M. Ascano, A. C. Jungkamp, M. Munschauer, A. Ulrich, G. S. Wardle, S. Dewell, M. Zavolan, T. Tuschl: PAR-CliP--a method to identify transcriptome-wide the binding sites of RNA binding proteins. In: J Vis Exp. (2010), Band 41. doi:pii: 2034. 10.3791/2034. PMID 20644507; PMC 3156069 (freier Volltext).

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[pmid20371350-1] Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.. In: Cell. 141, Nr. 1, 2010, S. 129–141. doi:10.1016/j.cell.2010.03.009. PMID 20371350. PMC 2861495 (freier Volltext).

[2] M. Hafner, M. Landthaler, L. Burger, M. Khorshid, J. Hausser, P. Berninger, A. Rothballer, M. Ascano, A. C. Jungkamp, M. Munschauer, A. Ulrich, G. S. Wardle, S. Dewell, M. Zavolan, T. Tuschl: PAR-CliP--a method to identify transcriptome-wide the binding sites of RNA binding proteins. In: J Vis Exp. (2010), Band 41. doi:pii: 2034. 10.3791/2034. PMID 20644507; PMC 3156069 (freier Volltext).