CLIP-Seq

CLIP-Seq (engl. cross-linking immunoprecipitation-high-throughput sequencing, ‚Quervernetzung und Immunpräzipitation mit Sequenzierung im Hochdurchsatz‘) ist eine Methode der Biochemie zur Untersuchung von RNA-Protein- und RNA-RNA-Interaktionen.[1] Gelegentlich wird die CLIP-Seq auch als HITS-CLIP bezeichnet.[2][3][4]

Prinzip

Die CLIP-Seq besteht aus einer Kombination einer UV-Quervernetzung, einer Immunpräzipitation, einer teilweisen Nukleolyse und einer DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz.

Die CLIP-Seq besitzt Ähnlichkeiten zum PAR-CLIP, zum iCLIP, zum RIP-Chip (ohne Vernetzung und mit Microarray anstatt der DNA-Sequenzierung), zur SELEX, zur ChIP-Seq (zur Untersuchung von DNA-Protein-Interaktionen) und zum ChIP-on-Chip (zur Untersuchung von DNA-Protein-Interaktionen mit einem Microarray anstatt der DNA-Sequenzierung).

Weblinks

starBase database: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.
BIMSB doRiNA database: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.

Einzelnachweise

Sanford JR, Wang X, Mort M, et al.: Splicing factor SFRS1 recognizes a functionally diverse landscape of RNA transcripts. In: Genome Res.. 19, Nr. 3, März 2009, S. 381–94. doi:10.1101/gr.082503.108. PMID 19116412. PMC 2661799 (freier Volltext).
Darnell RB: HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells. In: Wiley Interdiscip Rev RNA.. 1, 2010, S. 266–86. doi:10.1002/wrna.31.
Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, et al.: HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing. In: Nature. 456, Nr. 7221, November 2008, S. 464–9. doi:10.1038/nature07488. PMID 18978773. PMC 2597294 (freier Volltext).
Ingolia NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS: Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling. In: Science. 324, Nr. 5924, April 2009, S. 218–23. doi:10.1126/science.1168978. PMID 19213877. PMC 2746483 (freier Volltext).

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[1] Sanford JR, Wang X, Mort M, et al.: Splicing factor SFRS1 recognizes a functionally diverse landscape of RNA transcripts. In: Genome Res.. 19, Nr. 3, März 2009, S. 381–94. doi:10.1101/gr.082503.108. PMID 19116412. PMC 2661799 (freier Volltext).

[2] Darnell RB: HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells. In: Wiley Interdiscip Rev RNA.. 1, 2010, S. 266–86. doi:10.1002/wrna.31.

[3] Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, et al.: HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing. In: Nature. 456, Nr. 7221, November 2008, S. 464–9. doi:10.1038/nature07488. PMID 18978773. PMC 2597294 (freier Volltext).

[4] Ingolia NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS: Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling. In: Science. 324, Nr. 5924, April 2009, S. 218–23. doi:10.1126/science.1168978. PMID 19213877. PMC 2746483 (freier Volltext).