RIP-Chip

Der RIP-Chip (engl. RNA immunoprecipitation Chip, ‚RNA-Immunpräzipitations-Microarray‘) ist eine Methode der Biochemie zum Nachweis von RNA-Protein-Interaktionen. Der RIP-Chip ist eine Kombination aus einer Immunpräzipitation eines RNA-bindenden Proteins mit einer RT-PCR und einem Microarray und dient zur Untersuchung der verschiedenen gebundenen RNA eines solchen Proteins.[1]

Prinzip

Durch eine Immunpräzipitation eines bekannten, meist rekombinanten Proteins, können aus einer RNA-Lösung spezifisch bindende RNA-Sequenzen angereichert und aufgereinigt werden. Diese RNA werden anschließend von dem Protein getrennt und durch RT-PCR in cDNA umgeschrieben. Diese erzeugte cDNA wird zur Hybridisierung mit DNA auf einem Microarray eingesetzt.[2][3]

Der RIP-Chip besitzt Ähnlichkeiten zum ChIP-on-Chip, welcher mit ähnlichem Prinzip gebundene DNA-Sequenzen DNA-bindender Proteine charakterisiert. Die CLIP-Seq, PAR-CLIP und iCLIP sind Alternativverfahren zum RIP-Chip mit DNA-Sequenzierungen im Hochdurchsatz anstelle des Microarrays.

Einzelnachweise

Townley-Tilson WH, Pendergrass SA, Marzluff WF, Whitfield ML: Genome-wide analysis of mRNAs bound to the histone stem–loop binding protein. In: RNA. 12, Nr. 10, Oktober 2006, S. 1853–67. doi:10.1261/rna.76006. PMID 16931877. PMC 1581977 (freier Volltext).
Khalil AM, Guttman M, Huarte M, et al.: Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 106, Nr. 28, Juli 2009, S. 11667–72. doi:10.1073/pnas.0904715106. PMID 19571010. PMC 2704857 (freier Volltext).
D. G. Hendrickson, D. J. Hogan, D. Herschlag, J. E. Ferrell, P. O. Brown: Systematic identification of mRNAs recruited to argonaute 2 by specific microRNAs and corresponding changes in transcript abundance. In: PloS one. Band 3, Nummer 5, 2008, ISSN 1932-6203, S. e2126, doi:10.1371/journal.pone.0002126. PMID 18461144, PMC 2330160 (freier Volltext).

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[1] Townley-Tilson WH, Pendergrass SA, Marzluff WF, Whitfield ML: Genome-wide analysis of mRNAs bound to the histone stem–loop binding protein. In: RNA. 12, Nr. 10, Oktober 2006, S. 1853–67. doi:10.1261/rna.76006. PMID 16931877. PMC 1581977 (freier Volltext).

[2] Khalil AM, Guttman M, Huarte M, et al.: Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 106, Nr. 28, Juli 2009, S. 11667–72. doi:10.1073/pnas.0904715106. PMID 19571010. PMC 2704857 (freier Volltext).

[3] D. G. Hendrickson, D. J. Hogan, D. Herschlag, J. E. Ferrell, P. O. Brown: Systematic identification of mRNAs recruited to argonaute 2 by specific microRNAs and corresponding changes in transcript abundance. In: PloS one. Band 3, Nummer 5, 2008, ISSN 1932-6203, S. e2126, doi:10.1371/journal.pone.0002126. PMID 18461144, PMC 2330160 (freier Volltext).