Chaseviridae

Chaseviridae i​st die Bezeichnung für e​ine Familie v​on Viren m​it sog. Kopf-Schwanz-Aufbau (Ordnung Caudovirales), d​eren natürlichen Wirte Mitglieder d​er bakteriellen Klasse Gammaproteobacteria s​ind – solche bakteriellen Viren n​ennt man a​uch Bakteriophagen. Der e​rste isolierte Phage v​on diesem Typ w​ar der Escherichia-Phage φEcoM-GJ1.[3]

Chaseviridae
Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Duplodnaviria[1][2]
Reich: Heunggongvirae
Phylum: Uroviricota
Klasse: Caudoviricetes[1][2]
Ordnung: Caudovirales[1][2]
Familie: Chaseviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear
Baltimore: Gruppe 1
Wissenschaftlicher Name
Chaseviridae
Links
NCBI Taxonomy: 2731689
ICTV Taxon History: 201907737

Etymologie

Der Name d​er Familie, Chase, w​urde zu Ehren v​on Martha Cowles Chase (1927–2003) gewählt, d​ie zusammen m​it Alfred Hershey experimentell nachgewiesen hat, d​ass das genetische Material (Erbmaterial) a​us DNA (und n​icht Protein) besteht (Hershey-Chase-Experiment).[3]

Beschreibung

Mitglieder dieser Familie sind Caudoviren (Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur) mit isometrischen (nicht etwa langgestreckten) Köpfen, ähnlich wie bei den Myoviridae. Die Köpfe haben einen Durchmesser von ca. 62 nm, die kontraktilen Schwänze eine Länge von ca. 120 nm. Die Wirte sind Bakterien der Gattungen Aeromonas, Erwinia, Escherichia, Pectobacterium und Shewanella, alles Mitglieder der Klasse der Gammaproteobakterien.

Das Genom der Mitglieder der Chaseviridae hat im Durchschnitt eine Länge von 54,2 kbp (Kilobasenpaaren), darunter sind ca. 2,6 kbp direkte terminale Wiederholungen (englisch direct terminal repeats, DTRs). Der GC-Gehalt liegt bei ca. 46,5 mol% (43,6 – 52,8 mol%). Das Genom kodiert für etwa 77 Proteine und in einigen Fällen auch für eine tRNA (Transfer-RNA). Außer dort, wo Gattungen mit mehreren Arten identifiziert haben, zeigen die Mitglieder dieser Gruppe als Ganzes nur eine sehr geringe Verwandtschaft in der DNA-Sequenz, was mit der Bandbreite des GC-Gehalts korreliert.

Auf der Proteinebene (Proteom) teilen sich Erwinia-Phagen vB_ EamM-Y2 und Shewanella-Phagen SpYZU05 34,8 % Homologe. Zu den gemeinsamen Proteinen gehören die RNA-Polymerase, die DNA-Polymerase, die Primase und die Exonuklease. In den Analysen von Adriaenssens, Krupovic et al. (2020) gruppierten sich Aeromonas-Phage pAh6-C, Escherichia-Phage φEcoM-GJ1, Erwinia-Phage vB_EamM-Y2, Pectobacterium-Phage PM1 und Shewanella-Phage Spp001 in ein Cluster. Diese Analyse legte die Abgrenzung zweier Unterfamilien nahe: die eine umfasst die Gattungen Carltongylesvirus, Faunusvirus, Loessnervirus und Suwonvirus; die andere umfasst die Gattungen Pahsextavirus und Yushanvirus.[3]

Systematik

Gemäß International Committee o​n Taxonomy o​f Viruses (ICTV) gliedert s​ich die Familie Chaseviridae m​it Stand 11. Februar 2021 w​ie folgt i​n Unterfamilien, Gattungen u​nd Arten (von letzteren i​st hier n​ur eine Auswahl wiedergegeben, zusammen m​it einer Auswahl a​n Vorschlägen n​ach NCBI i​n Anführungszeichen):[2][3][4]

Familie Chaseviridae

  • Unterfamilie Cleopatravirinae[3]
  • Gattung Carltongylesvirus
  • Spezies Escherichia-Virus GJ1 (englisch Escherichia virus GJ1, Typus, mit Escherichia-Phage phiEcoM-GJ1, φEcoM-GJ1)
  • Spezies Escherichia-Virus ST32 (en. Escherichia virus ST32)
  • Spezies „Escherichia-Phage flopper“ (en. „Escherichia phage flopper“)
  • Gattung Faunusvirus (nicht zu verwechseln mit der vorgeschlagenen Spezies „Faunusvirus sp.“ der Cafeteriaviren, Familie Mimiviridae)
  • Spezies Erwinia-Virus Faunus (en. Erwinia virus Faunus, Typus)
  • Gattung Loessnervirus
  • Spezies Erwinia-Virus Y2 (en. Erwinia virus Y2, Typus, mit Erwinia-Phage vB_EamM-Y2)
  • Gattung Myducvirus
  • Spezies Proteus-Virus Myduc (en. Proteus virus Myduc) mit Proteus-Phage Myduc (en. Proteus phage Myduc)
  • Gattung Sabourvirus
  • Spezies Escherichia-Virus 4HA13 (en. Escherichia virus 4HA13) mit Escherichia-Phage vB_EcoM_4HA13 (en. Escherichia phage vB_EcoM_4HA13)
  • Gattung Suwonvirus
  • Spezies Pectobacterium-Virus PM1 (en. Pectobacterium virus PM1, Typus)
  • Spezies Pectobacterium-Virus PP101 (en. Pectobacterium virus PP101)
  • Unterfamilie Nefertitivirinae[3]
  • Gattung Pahsextavirus
  • Spezies Aeromonas-Virus pAh6C (en. Aeromonas virus pAh6C, Typus)
  • Spezies „Aeromonas-Phage PVN02“ (en. „Aeromonas phage PVN02“)
  • Gattung Yushanvirus
  • Spezies Shewanella-Virus Spp001 (en. Shewanella virus Spp001, Typus, mit Shewanella-Phage Spp001)
  • Spezies Shewanella-Virus SppYZU05 (en. Shewanella virus SppYZU05, mit Shewanella-Phage SppYZU05)

Einzelnachweise
  1. ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  3. Evelien M. Adriaenssens, Mart Krupovic et al.: Taxonomy of prokaryotic viruses: 2018-2019 update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee, in: Archives of Virology 165, 11. März 2020, S. 1253–1260, doi:10.1007/s00705-020-04577-8, PDF
  4. NCBI: Chaseviridae (family)
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