SmaI

Type-2 restriction enzyme SmaI
Andere Namen	Endonuclease SmaI, Type II restriction enzyme SmaI
Masse/Länge Primärstruktur	247 Aminosäuren, 28.782 Da
Sekundär- bis Quartärstruktur	Homodimer
Bezeichner
Gen-Name(n)	SmaI (Rebase)
Externe IDs	UniProt: P14229;
Enzymklassifikation
EC, Kategorie	3.1.21.4, Restriktionsenzym
Reaktionsart	Hydrolyse
Substrat	DNA
Produkte	Zweisträngige DNA-Fragmente mit terminalen 5'-Phosphatgruppen
Vorkommen
Übergeordnetes Taxon	Serratia marcescens

SmaI ist ein Restriktionsenzym aus dem Bakterium Serratia marcescens.

Eigenschaften

SmaI ist eine Endonuklease (Typ II, Subtyp P), die DNA an einer palindromischen DNA-Erkennungsequenz schneidet. Durch den Schnitt der doppelsträngigen DNA durch SmaI entsteht ein blunt end (Ende ohne Überhang) und je einer Phosphatgruppe an beiden 5'-Enden der doppelsträngigen DNA-Produkte. SmaI wird weder durch eine DAM-, noch durch eine DCM-Methylierung, aber durch eine CpG-Methylierung gehemmt. Unter den CpG-Methylierungssensitiven Restriktionsenzymen SmaI (Erkennungssequenz CCCGGG), HpaII (CCGG), HhaI (GCGC), AciI (GCGC), BstUI (CGCG) und HpyCH4IV (ACGT) hat SmaI mit sechs Basenpaaren die längste Erkennungssequenz.[1] Bei 37 °C ist die Enzymaktivität etwa 50 % der Enzymaktivität bei 25 °C. In suboptimalen Pufferbedingungen sinkt die Affinität von SmaI zu der Erkennungssequenz und die DNA wird unspezifisch geschnitten (Star-Aktivität). Nach einer Restriktion von DNA in vitro kann SmaI durch 20-minütiges Erhitzen auf 65 °C denaturiert und somit inaktiviert werden. Meistens wird SmaI als rekombinantes Protein in E.coli hergestellt. Die Restriktionsenzyme XmaI und Cfr9I sind Neoschizomere von SmaI.[2]


Erkennungssequenz	Restriktionsschnitt
5'-CCCGGG-3' 3'-GGGCCC-5'	5'-CCC GGG-3' 3'-GGG CCC-5'

Anwendungen

SmaI wird für Restriktionsverdaue im Rahmen von Klonierungen oder Restriktionsanalysen verwendet. Aufgrund der Hemmung durch methylierte CpG-Motive wird SmaI zur Untersuchung der DNA-Methylierung verwendet.[1]

Einzelnachweise

Jeffrey Craig: Epigenetics. Horizon Scientific Press, 2011, ISBN 978-1-904-45588-2, S. 349.
M. A. Argudín, M. R. Rodicio, B. Guerra: The emerging methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST398 clone can easily be typed using the Cfr9I SmaI-neoschizomer. In: Letters in applied microbiology. Band 50, Nummer 1, Januar 2010, S. 127–130, doi:10.1111/j.1472-765X.2009.02742.x, PMID 19843206.

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[Craig-1] Jeffrey Craig: Epigenetics. Horizon Scientific Press, 2011, ISBN 978-1-904-45588-2, S. 349.

[2] M. A. Argudín, M. R. Rodicio, B. Guerra: The emerging methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST398 clone can easily be typed using the Cfr9I SmaI-neoschizomer. In: Letters in applied microbiology. Band 50, Nummer 1, Januar 2010, S. 127–130, doi:10.1111/j.1472-765X.2009.02742.x, PMID 19843206.