Smacoviridae

Smacoviridae ist die Bezeichnung einer Familie von Einzelstrang-DNA-Viren. Das Genom vom Mitgliedern dieser Familie ist zirkulär und klein – die Länge beträgt etwa 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für ein Rolling-Circle-Replikationsinitiationsprotein (Rep) und familienspezifische Kapsidproteine.[2] Derzeit (Stand Ende März 2021) sind sechs Gattungen in dieser Familie vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) anerkannt.[3] Die Viren in diesem Taxon wurden durch Metagenomanalysen aus Fäkalproben von Insekten und Wirbeltieren identifiziert. Über ihre Biologie ist wenig bekannt.

Smacoviridae

Smacoviridae

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Monodnaviria[1]
Reich: Shotokuvirae[1]
Phylum: Cressdnaviricota[1]
Klasse: Arfiviricetes[1]
Ordnung: Cremevirales[1]
Familie: Smacoviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: (-)ssDNA zirkulär
Baltimore: Gruppe 2
Symmetrie: ikosaedrisch
Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Smacoviridae
Links
NCBI Taxonomy: 2169574
ViralZone (Expasy, SIB): 8416
ICTV Taxon History: 201905993

Beschreibung
Genomkarte von „Capybara associated smacovirus“, vorgeschlagenes Mitglied der Smacoviridae aus Capybaras.[4] Ganz oben die Haarnadelstruktur (stem-loop).
Genom (A) eines Vertreters der Smacoviridae mit Ambisense-Typ-IV-Genom (Papio cynocephalus associated smacovirus 3, PcSmV3) und (B) eines anderen[5] mit Unisense-Typ-V-Genom (Papio kindae associated smacovirus-like virus 1, PkSmV1) aus sambischen Steppen- bzw. Kindapavianen mit Darstellung der ORFs (Rep: rolling circle replication-associated protein; CP: Kapsidprotein), Haarnadelstruktur (stem loop, Stammschleife) und Nonanukleotid.

Die Smacoviridae haben ein nicht-segmentiertes, zirkuläres Einzelstrang-Genom mit einer Länge von 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für sechs Proteine, darunter ein Replikator (Rep) und ein Kapsidprotein (CP).[6][2]

Systematik

Die Systematik d​er Familie i​st wie folgt:[3]

  • Gattung Bovismacovirus
  • Spezies Bovine associated bovismacovirus 1 mit Circoviridae bovine stool/BK/KOR/2011
  • Spezies Bovine associated bovismacovirus 2 mit Bovine faeces associated smacovirus 3
  • Spezies Dragonfly associated bovismacovirus 1 mit Odonata-associated circular virus 21
  • Gattung Cosmacovirus
  • Spezies Bovine associated cosmacovirus 1 mit Bovine faeces associated smacovirus 4
  • Gattung Dragsmacovirus
  • Spezies Dragonfly associated dragsmacovirus 1 mit Odonata-associated circular virus 5
  • Gattung Drosmacovirus
  • Spezies Bovine associated drosmacovirus 1 mit Bovine faeces associated smacovirus 5
  • Spezies Camel associated drosmacovirus 1
  • Spezies Camel associated drosmacovirus 2
  • Spezies „Pig stool associated circular ssDNA virus“ (Vorschlag)
  • Gattung Huchismacovirus
  • Spezies Bovine associated huchismacovirus 1 mit Bovine faeces associated smacovirus 1
  • Spezies Bovine associated huchismacovirus 2 mit Bovine faeces associated smacovirus 6
  • Spezies Chicken associated huchismacovirus 1
  • Spezies Chicken associated huchismacovirus 2
  • Spezies Human associated huchismacovirus 1
  • Spezies Human associated huchismacovirus 2
  • Spezies Human associated huchismacovirus 3
  • Spezies „Human smacovirus 1“ (Vorschlag)
  • Gattung Porprismacovirus
000 Die Spezies dieser Gattung im Detail anzeigen:
  • Spezies Bovine associated porprismacovirus 1 mit Bovine faeces associated smacovirus 2
  • Spezies Camel associated porprismacovirus 1
  • Spezies Camel associated porprismacovirus 2
  • Spezies Camel associated porprismacovirus 3
  • Spezies Camel associated porprismacovirus 4
  • Spezies Chimpanzee associated porprismacovirus 1
  • Spezies Chimpanzee associated porprismacovirus 2
  • Spezies Gorilla associated porprismacovirus 1 mit Gorilla smacovirus
  • Spezies Howler monkey associated porprismacovirus 1
  • Spezies Human associated porprismacovirus 1 mit Human feces smacovirus 2
  • Spezies Human associated porprismacovirus 2
  • Spezies Lemur associated porprismacovirus 1 mit Lemur smacovirus
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 1
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 10 mit Porcine faeces associated smacovirus 1
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 2 mit Porcine stool-associated circular virus 2 und/alias Bovine stool associated circular virus.[7][8]
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 3 mit Porcine stool-associated circular virus 3
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 4
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 5
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 6 mit Porcine stool-associated circular virus 6
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 7 mit Porcine stool-associated circular virus 7
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 8 mit Porcine stool-associated circular virus 8
  • Spezies Porcine associated porprismacovirus 9 mit Porcine stool-associated circular virus 9
  • Spezies Rat associated porprismacovirus 1 mit Rat stool-associated circular ssDNA virus
  • Spezies Sheep associated porprismacovirus 1 mit Sheep faeces associated smacovirus 1
  • Spezies Sheep associated porprismacovirus 2 mit Sheep faeces associated smacovirus 2
  • Spezies Sheep associated porprismacovirus 3 mit Sheep faeces associated smacovirus 3
  • Spezies Turkey associated porprismacovirus 1 mit Turkey stool associated circular ssDNA virus
  • Vorschläge ohne Gattungszuweisung
  • Spezies „Capybara associated smacovirus“[4] mit Capybara associated smacovirus 1_cap1_104[9]
  • Spezies „Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus“[10][11]
  • Spezies „Papio cynocephalus associated smacovirus“[12] mit Papio cynocephalus associated smacovirus 3 (PcSmV3)[13][14]
  • Spezies „Papio kindae associated smacovirus“[15] mit Papio kindae associated smacovirus-like virus 1 (PkSmV1)[5][14]

Einzelnachweise
  1. ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. Arvind Varsani, Mart Krupovic: Smacoviridae: a new family of animal-associated single-stranded DNA viruses, in: Virology Division News, Arch Virol 163, 2005–2015. 23. März 2018. doi:10.1007/s00705-018-3820-z
  3. Virus Taxonomy: 2019 Release. In: talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. Abgerufen am 27. April 2020.
  4. Rafaela S. Fontenele, Cristiano Lacorte, Natalia S. Lamas, Kara Schmidlin, Arvind Varsani, Simone G. Ribeiro: Single Stranded DNA Viruses Associated with Capybara Faeces Sampled in Brazil, in: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 8, Special Issue Viromics: Approaches, Advances, and Applications, doi:10.3390/v11080710
  5. NCBI: LC386203
  6. SIB: Smacoviridae, auf: Expasy ViralZone
  7. H. K. Kim, S. J. Park, V. G. Nguyen, D. S. Song, H. J. Moon, B. K. Kang, B. K. Park: Identification of a novel single stranded circular DNA virus from bovine stool. J Gen Virol,1. März 2012, doi:10.1099/vir.0.037838-0
  8. NCBI: Porcine stool-associated circular virus (species)
  9. NCBI: Capybara associated smacovirus 1_cap1_104
  10. O. Blinkova, J. Victoria, Y. Li, B. F. Keele, C. Sanz, J. B. Ndjango, M. Peeters, D. Travis, E. V. Lonsdorf, M. L. Wilson, A. E. Pusey, B. H. Hahn, E. L. Delwart: Novel circular DNA viruses in stool samples of wild-living chimpanzees. In: J. Gen. Virol.. 91, Nr. Pt 1, 2010, S. 74–86. doi:10.1099/vir.0.015446-0. PMID 19759238. PMC 2887567 (freier Volltext).
  11. NCBI: Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus (species)
  12. NCBI: Papio cynocephalus associated smacovirus (species)
  13. NCBI: LC386205
  14. Paulina D. Anindita, Michihito Sasaki, Gabriel Gonzalez, Wallaya Phongphaew, Michael Carr, Bernard M. Hang’ombe, Aaron S. Mweene, Kimihito Ito, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa: Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates, in: Nature Sci Rep 9, 5045 (2019). doi:10.1038/s41598-019-41358-z. Insbesondere: Fig. 1 und Tale 1
  15. NCBI: Papio kindae associated smacovirus (species)
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