Transposon Tagging

Das Transposon Tagging ist eine Methode zur Identifizierung von bekannten oder unbekannten Genen durch Mutagenese mit Transposons.[1][2][3]

Eigenschaften

Durch die zufällige Insertion von mobilen genetischen Elementen in das Genom werden in entfalteten Bereichen der DNA Gene inaktiviert oder – in selteneren Fällen – auch aktiviert. Der durch das inaktivierte Gen veränderte Phänotyp dient der Identifizierung des im gesuchten Gen mutierten Klons. Durch eine DNA-Sequenzierung mit Transposon-basierten Primern wird durch ein Primer Walking die an das Transposon angrenzende DNA-Sequenz identifiziert. Durch eine Polymerasekettenreaktion können diese angrenzenden DNA-Sequenzen amplifiziert werden, z. B. für eine Klonierung und eine anschließende Proteinreinigung und Proteincharakterisierung. Sofern das Genom bereits vollständig sequenziert vorliegt, geben Homologien in Datenbanken Aufschluss über bekannte Funktionen ähnlicher DNA-Sequenzen (Blast) bzw. der daraus entstehenden Proteine (Pfam).

Alternative Methoden sind das targeting induced local lesion in genomes (TILLING) und Genom-weite Hybridisierungsverfahren nach zufälliger Mutagenese.[4]

Einzelnachweise

D. Bazopoulou, N. Tavernarakis: The NemaGENETAG initiative: large scale transposon insertion gene-tagging in Caenorhabditis elegans. In: Genetica. Band 137, Nummer 1, September 2009, S. 39–46, ISSN 1573-6857. doi:10.1007/s10709-009-9361-3. PMID 19343510.
Y. Jiang, Z. Cai, W. Xie, T. Long, H. Yu, Q. Zhang: Rice functional genomics research: progress and implications for crop genetic improvement. In: Biotechnology Advances. Band 30, Nummer 5, 2012 Sep-Oct, S. 1059–1070, ISSN 1873-1899. doi:10.1016/j.biotechadv.2011.08.013. PMID 21888963.
M. Vandenbussche, J. Zethof, T. Gerats: Transposon display: a versatile method for transposon tagging. In: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). Band 1057, 2013, S. 239–250, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-62703-568-2_17. PMID 23918433.
D. G. Moerman, R. J. Barstead: Towards a mutation in every gene in Caenorhabditis elegans. In: Briefings in functional genomics & proteomics. Band 7, Nummer 3, Mai 2008, S. 195–204, ISSN 1477-4062. doi:10.1093/bfgp/eln016. PMID 18417533. PDF.

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[1] D. Bazopoulou, N. Tavernarakis: The NemaGENETAG initiative: large scale transposon insertion gene-tagging in Caenorhabditis elegans. In: Genetica. Band 137, Nummer 1, September 2009, S. 39–46, ISSN 1573-6857. doi:10.1007/s10709-009-9361-3. PMID 19343510.

[2] Y. Jiang, Z. Cai, W. Xie, T. Long, H. Yu, Q. Zhang: Rice functional genomics research: progress and implications for crop genetic improvement. In: Biotechnology Advances. Band 30, Nummer 5, 2012 Sep-Oct, S. 1059–1070, ISSN 1873-1899. doi:10.1016/j.biotechadv.2011.08.013. PMID 21888963.

[3] M. Vandenbussche, J. Zethof, T. Gerats: Transposon display: a versatile method for transposon tagging. In: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). Band 1057, 2013, S. 239–250, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-62703-568-2_17. PMID 23918433.

[4] D. G. Moerman, R. J. Barstead: Towards a mutation in every gene in Caenorhabditis elegans. In: Briefings in functional genomics & proteomics. Band 7, Nummer 3, Mai 2008, S. 195–204, ISSN 1477-4062. doi:10.1093/bfgp/eln016. PMID 18417533. PDF.