POEM@home

POEM@home (Protein Optimization w​ith Energy Methods, Proteinoptimierung m​it Energiemethoden) w​ar ein Volunteer-Computing-Projekt d​es Karlsruher Instituts für Technologie, d​as mittels d​er Technik d​es verteilten Rechnens versuchte, Proteinstrukturen z​u optimieren.

POEM@home
Bereich: Biochemie
Ziel: Analyse und Vorhersage der Proteinstruktur
Betreiber: Karlsruher Institut für Technologie
Land: Deutschland
Plattform: BOINC
Website: http://boinc.fzk.de/poem
Projektstatus
Status: beendet
Beginn: Oktober 2007
Ende: Oktober 2016

Hierzu verwendete es ein atomares Modell für die freie Energie der Proteine, daher funktionierte POEM@home sowohl bei neuen Proteinfaltungen als auch bei Anwendungen in der Nanobiotechnologie, für die keine experimentellen Daten vorlagen. Das Projekt wurde im Oktober 2007 gestartet. Die Basis der Berechnungen bildete die Software BOINC von der University of California, Berkeley. Zum Schluss lag die Rechenleistung des Projekts bei ungefähr 739 TeraFLOPS,[1] die je nach Tagesleistung schwanken konnte.

Wissenschaftliche Relevanz

Es w​urde ein anderer wissenschaftlicher Ansatz z​ur Proteinfaltung a​ls bei ähnlichen Projekten benutzt. Hierzu w​urde Christian B. Anfinsens nobelpreisgekrönte thermodynamische Hypothese verwendet, d​ie besagt, d​ass Proteine i​n ihrem biologisch aktiven Zustand e​ine minimale f​reie Energie haben. Die ansonsten üblichen, a​n Rechenzeit aufwändigen Simulationsprozesse wurden s​o durch v​iel schnellere Optimierungsprozesse ersetzt.[2]

Nach kurzer Zeit konnte POEM@home schon erste Resultate vorweisen.[3] Mit diesen Resultaten nahm das Projekt auch an dem alle zwei Jahre stattfindenden internationalen Forschungswettbewerb CASP teil.

Ziele

POEM@home verfolgte folgende Ziele:

  • Vorhersage der biologisch aktiven Struktur von Proteinen
  • Verständnis der signalverarbeitenden Mechanismen während der Interaktion verschiedener Proteine miteinander
  • Verständnis von Krankheiten die auf Protein-Fehlfunktionen oder -Aggregationen beruhen
  • Entwicklung neuer Medikamente auf der Basis dreidimensionaler Strukturen biologisch wichtiger Proteine

Siehe auch

Einzelnachweise
  1. POEM@home Server Status (Memento des Originals vom 24. Februar 2014 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/boinc.fzk.de
  2. POEM-Forum (Memento des Originals vom 6. Dezember 2007 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/boinc.fzk.de
  3. POEM@home (Memento des Originals vom 6. Januar 2008 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/boinc.fzk.de


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