Miniature Inverted-repeat Transposable Element

Ein Miniature Inverted-repeat Transposable Element (MITE, dt. ‚miniatur-transposables Element mit wiederholenden Endsequenzen‘) ist ein transponibles DNA-Element mit Inverted Repeats.[1]

Eigenschaften

MITE sind als transponible Elemente eine Form eigennütziger DNA und kommen in Archaeen,[2] Bakterien,[3] Pflanzen[4] und Tieren vor.[5][6] MITE sind nicht autonom replizierend, da sie vermutlich auf die Nutzung einer Transposase aus anderen verwandten Transposons angewiesen sind.[1] An beiden Enden der meist unter 500 Basenpaaren langen doppelsträngigen DNA-Sequenz eines MITE befinden sich wiederholende Endsequenzen (inverted repeats), die ursprünglich die Einfügung des MITE an dieser Stelle des Genoms ermöglicht hatten und die Rekombination des MITE mit anderen genomischen Bereichen ermöglicht. MITE kommen gehäuft in entfalteten, transkriptionsaktiven Bereichen vor.[7][8]

MITE werden anhand ihrer Homologie zu Transposons in verschiedene Familien unterteilt: PIF/Harbinger, Tc1/mariner, PiggyBac, hAT, P element und Mutator.[1][9]

Literatur

N. Jiang: Computational methods for identification of DNA transposons. In: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). Band 1057, 2013, ISSN 1940-6029, S. 289–304, doi:10.1007/978-1-62703-568-2_21, PMID 23918437.

Einzelnachweise

I. Fattash, R. Rooke, A. Wong, C. Hui, T. Luu, P. Bhardwaj, G. Yang: Miniature inverted-repeat transposable elements: discovery, distribution, and activity. In: Genome / National Research Council Canada = Génome / Conseil national de recherches Canada. Band 56, Nummer 9, September 2013, ISSN 1480-3321, S. 475–486, doi:10.1139/gen-2012-0174, PMID 24168668.
K. Brügger, P. Redder, Q. She, F. Confalonieri, Y. Zivanovic, R. A. Garrett: Mobile elements in archaeal genomes. In: FEMS microbiology letters. Band 206, Nummer 2, Januar 2002, ISSN 0378-1097, S. 131–141, PMID 11814653.
N. Delihas: Small mobile sequences in bacteria display diverse structure/function motifs. In: Molecular microbiology. Band 67, Nummer 3, Februar 2008, ISSN 0950-382X, S. 475–481, doi:10.1111/j.1365-2958.2007.06068.x, PMID 18086200, PMC 2229807 (freier Volltext).
P. Sampath, J. Murukarthick, N. K. Izzah, J. Lee, H. I. Choi, K. Shirasawa, B. S. Choi, S. Liu, I. S. Nou, T. J. Yang: Genome-wide comparative analysis of 20 miniature inverted-repeat transposable element families in Brassica rapa and B. oleracea. In: PloS one. Band 9, Nummer 4, 2014, S. e94499, ISSN 1932-6203, doi:10.1371/journal.pone.0094499, PMID 24747717, PMC 3991616 (freier Volltext).
G. L. Wallau, P. Capy, E. Loreto, A. Hua-Van: Genomic landscape and evolutionary dynamics of mariner transposable elements within the Drosophila genus. In: BMC genomics. Band 15, 2014, ISSN 1471-2164, S. 727, doi:10.1186/1471-2164-15-727, PMID 25163909, PMC 4161770 (freier Volltext).
E. Satovic, M. Plohl: Tandem repeat-containing MITEs in the clam Donax trunculus. In: Genome biology and evolution. Band 5, Nummer 12, 2013, ISSN 1759-6653, S. 2549–2559, doi:10.1093/gbe/evt202, PMID 24317975, PMC 3879986 (freier Volltext).
Q. Zhang, J. Arbuckle, S. R. Wessler: Recent, extensive, and preferential insertion of members of the miniature inverted-repeat transposable element family Heartbreaker into genic regions of maize. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 97, Nummer 3, Februar 2000, ISSN 0027-8424, S. 1160–1165, PMID 10655501, PMC 15555 (freier Volltext).
C. Feschotte, N. Jiang, S. R. Wessler: Plant transposable elements: where genetics meets genomics. In: Nature Reviews Genetics. Band 3, Nummer 5, Mai 2002, ISSN 1471-0056, S. 329–341, doi:10.1038/nrg793, PMID 11988759.
C. Feschotte, X. Zhang, S. R. Wessler: Miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) and their relationship with established DNA transposons. In: Mobile DNA II. Edited by N. Craig, R. Craigie, M. Gellert, and A. Lambowitz. American Society for Microbiology Press, Washington, D.C. 2002, S. 1147–1158.

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[PMID_24168668-1] I. Fattash, R. Rooke, A. Wong, C. Hui, T. Luu, P. Bhardwaj, G. Yang: Miniature inverted-repeat transposable elements: discovery, distribution, and activity. In: Genome / National Research Council Canada = Génome / Conseil national de recherches Canada. Band 56, Nummer 9, September 2013, ISSN 1480-3321, S. 475–486, doi:10.1139/gen-2012-0174, PMID 24168668.

[2] K. Brügger, P. Redder, Q. She, F. Confalonieri, Y. Zivanovic, R. A. Garrett: Mobile elements in archaeal genomes. In: FEMS microbiology letters. Band 206, Nummer 2, Januar 2002, ISSN 0378-1097, S. 131–141, PMID 11814653.

[3] N. Delihas: Small mobile sequences in bacteria display diverse structure/function motifs. In: Molecular microbiology. Band 67, Nummer 3, Februar 2008, ISSN 0950-382X, S. 475–481, doi:10.1111/j.1365-2958.2007.06068.x, PMID 18086200, PMC 2229807 (freier Volltext).

[4] P. Sampath, J. Murukarthick, N. K. Izzah, J. Lee, H. I. Choi, K. Shirasawa, B. S. Choi, S. Liu, I. S. Nou, T. J. Yang: Genome-wide comparative analysis of 20 miniature inverted-repeat transposable element families in Brassica rapa and B. oleracea. In: PloS one. Band 9, Nummer 4, 2014, S. e94499, ISSN 1932-6203, doi:10.1371/journal.pone.0094499, PMID 24747717, PMC 3991616 (freier Volltext).

[5] G. L. Wallau, P. Capy, E. Loreto, A. Hua-Van: Genomic landscape and evolutionary dynamics of mariner transposable elements within the Drosophila genus. In: BMC genomics. Band 15, 2014, ISSN 1471-2164, S. 727, doi:10.1186/1471-2164-15-727, PMID 25163909, PMC 4161770 (freier Volltext).

[6] E. Satovic, M. Plohl: Tandem repeat-containing MITEs in the clam Donax trunculus. In: Genome biology and evolution. Band 5, Nummer 12, 2013, ISSN 1759-6653, S. 2549–2559, doi:10.1093/gbe/evt202, PMID 24317975, PMC 3879986 (freier Volltext).

[7] Q. Zhang, J. Arbuckle, S. R. Wessler: Recent, extensive, and preferential insertion of members of the miniature inverted-repeat transposable element family Heartbreaker into genic regions of maize. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 97, Nummer 3, Februar 2000, ISSN 0027-8424, S. 1160–1165, PMID 10655501, PMC 15555 (freier Volltext).

[8] C. Feschotte, N. Jiang, S. R. Wessler: Plant transposable elements: where genetics meets genomics. In: Nature Reviews Genetics. Band 3, Nummer 5, Mai 2002, ISSN 1471-0056, S. 329–341, doi:10.1038/nrg793, PMID 11988759.

[9] C. Feschotte, X. Zhang, S. R. Wessler: Miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) and their relationship with established DNA transposons. In: Mobile DNA II. Edited by N. Craig, R. Craigie, M. Gellert, and A. Lambowitz. American Society for Microbiology Press, Washington, D.C. 2002, S. 1147–1158.