Markierungsfreie massenspektrometrische Quantifizierung

Die markierungsfreie massenspektrometrische Quantifizierung (englisch label-free quantification, a​uch label-free quantitation) i​st eine massenspektrometrische Methode z​ur relativen Mengenbestimmung v​on hochmolekularen Verbindungen.[1][2]

Eigenschaften

Die markierungsfreie massenspektrometrische Quantifizierung w​ird in d​er Biochemie u​nter anderem z​um Vergleich d​er Mengen v​on Proteinen i​n einer Probe eingesetzt.

Die Quantifizierung k​ann über z​wei verschiedene Parameter erfolgen, d​er Signalintensität d​es Vorläuferions o​der aus d​em Massenspektrum. Die Methode m​it der Ermittlung d​er Signalintensität besitzt e​ine kleinere Auflösung, z. B. b​ei einem Flugzeit-, Fouriertransformation-Ionenzyklotronresonanz- (FT-ICR) o​der Orbitrap-Massenspektrometer. Die Methode m​it einem Auszählen d​es Massenspektrums verwendet dagegen mehrere Spektren für e​in bestimmtes Peptid, d​ie die Ergebnisse a​ller gemessenen Peptide integriert. Software w​urde zur Analyse d​er markierungsfreien massenspektrometrischen Quantifizierung entwickelt,[3][4][5] z. B. ProtQuant.[6]

Alternative Methoden s​ind z. B. ICAT, Isobarenmarkierung (Tandem Mass Tag), isobare Protein-Tags (iTRAQ), label-free quantification Metal-coded tags (MeCAT), N-terminal labelling, stable isotope labeling w​ith amino a​cids in c​ell culture (SILAC) u​nd terminal a​mine isotopic labeling o​f substrates (TAILS).[7][8]

Einzelnachweise
  1. S. Tate, B. Larsen, R. Bonner, A. C. Gingras: Label-free quantitative proteomics trends for protein-protein interactions. In: Journal of proteomics. Band 81, April 2013, ISSN 1876-7737, S. 91–101, doi:10.1016/j.jprot.2012.10.027, PMID 23153790.
  2. S. K. Van Riper, E. P. de Jong, J. V. Carlis, T. J. Griffin: Mass spectrometry-based proteomics: basic principles and emerging technologies and directions. In: Advances in Experimental Medicine and Biology. Band 990, 2013, ISSN 0065-2598, S. 1–35, doi:10.1007/978-94-007-5896-4_1, PMID 23378000.
  3. Lukas N. Mueller et al.: An Assessment of Software Solutions for the Analysis of Mass Spectrometry Based Quantitative Proteomics Data. In: Journal of Proteome Research. 7, Nr. 1, 2008, S. 51–61. doi:10.1021/pr700758r. PMID 18173218.
  4. M. Sandin, J. Teleman, J. Malmström, F. Levander: Data processing methods and quality control strategies for label-free LC-MS protein quantification. In: Biochimica et Biophysica Acta. Band 1844, Nummer 1 Pt A, Januar 2014, ISSN 0006-3002, S. 29–41, doi:10.1016/j.bbapap.2013.03.026, PMID 23567904.
  5. S. Nahnsen, C. Bielow, K. Reinert, O. Kohlbacher: Tools for label-free peptide quantification. In: Molecular & cellular proteomics : MCP. Band 12, Nummer 3, März 2013, ISSN 1535-9484, S. 549–556, doi:10.1074/mcp.R112.025163, PMID 23250051, PMC 3591650 (freier Volltext).
  6. Bridges SM, Magee GB, Wang N, Williams WP, Burgess SC, Nanduri B: ProtQuant: a tool for the label-free quantification of MudPIT proteomics data. In: BMC Bioinformatics. 8 Suppl 7, 2007, S. S24. doi:10.1186/1471-2105-8-S7-S24. PMID 18047724. PMC 2099493 (freier Volltext).
  7. L. Van Oudenhove, B. Devreese: A review on recent developments in mass spectrometry instrumentation and quantitative tools advancing bacterial proteomics. In: Applied Microbiology and Biotechnology. Band 97, Nummer 11, Juni 2013, ISSN 1432-0614, S. 4749–4762, doi:10.1007/s00253-013-4897-7, PMID 23624659.
  8. D. A. Megger, T. Bracht, H. E. Meyer, B. Sitek: Label-free quantification in clinical proteomics. In: Biochimica et Biophysica Acta. Band 1834, Nummer 8, August 2013, ISSN 0006-3002, S. 1581–1590, doi:10.1016/j.bbapap.2013.04.001, PMID 23567906.
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