Jmol

Jmol ist ein Computerprogramm zur räumlichen Darstellung von Molekülen. Es steht unter der GNU Lesser General Public License. Da es in Java programmiert wurde, ist es weitgehend plattformunabhängig.[2] Ein Java-Applet von Jmol findet bei der Darstellung von Molekülen im Webbrowser Verwendung.[3] beispielsweise innerhalb der Protein Data Bank.[4] Es implementiert und erweitert die Standards SMILES und SMARTS.[5] Die Software bietet verschiedene Darstellungsmöglichkeiten, wie Stab-, Kugel-Stab- und Kalottenmodell, Punktwolke und Van-der-Waals-Oberfläche.[2] Auch Kristallstrukturen lassen sich darstellen.[6] Vieles kann in Jmol mit der Maus gesteuert werden, beispielsweise lassen sich die Moleküle um alle Raumachsen drehen und in der Größe verändern. Außerdem kann man Atomabstände und Winkel vermessen. Darüber hinaus verfügt Jmol über eine eigene Scriptsprache, die Syntaxelemente von RasMol und MDL Chime geerbt hat.[7]

Jmol
Basisdaten
Entwickler Jmol Development Team
Aktuelle Version 14.31.34[1]
(7. März 2021)
Betriebssystem Plattformübergreifend
Programmiersprache Java
Kategorie Molekulardesign
Lizenz GNU Lesser General Public License
deutschsprachig ja
jmol.sourceforge.net
Commons: Jmol – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

Einzelnachweise
  1. sourceforge.net.
  2. Angel Herraez: Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue. In: Biochemistry and Molecular Biology Education. Band 34, Nr. 4, 2006, ISSN 1470-8175, S. 255–261, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644.
  3. Egon Willighagen, Miguel Howard: Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D. In: Nature Precedings. 2007, ISSN 1756-0357, S. 1–1, doi:10.1038/npre.2007.50.1.
  4. Peter W. Rose, Bojan Beran, Chunxiao Bi, Wolfgang F. Bluhm, Dimitris Dimitropoulos, David S. Goodsell, Andreas Prlić, Martha Quesada, Gregory B. Quinn, John D. Westbrook, Jasmine Young, Benjamin Yukich, Christine Zardecki, Helen M. Berman, Philip E. Bourne: The RCSB Protein Data Bank: redesigned web site and web services. In: Nucleic Acids Research. Band 39, suppl_1, 2011, ISSN 0305-1048, S. D392–D401, doi:10.1093/nar/gkq1021.
  5. Vincent F. Scalfani, Antony J. Williams, Valery Tkachenko, Karen Karapetyan, Alexey Pshenichnov, Robert M. Hanson, Jahred M. Liddie, Jason E. Bara: Programmatic conversion of crystal structures into 3D printable files using Jmol. In: Journal of Cheminformatics. Band 8, Nr. 1, 2016, ISSN 1758-2946, S. 66, doi:10.1186/s13321-016-0181-z, PMID 27933103.
  6. R. M. Hanson: Jmol – a paradigm shift in crystallographic visualization. In: Journal of Applied Crystallography. Band 43, Nr. 5, 2010, ISSN 0021-8898, S. 1250–1260, doi:10.1107/S0021889810030256.
  7. Angel Herráez: How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures. Lulu.com, 2008, ISBN 978-1-84799-259-8, S. 9.
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