Geplafuvirales

Geplafuvirales i​st die einzige Ordnung v​on Viren i​n der Klasse Repensiviricetes d​es Phylums d​er CRESS-DNA-Viren Cressdnaviricota.[2][1][3] Zur Ordnung gehören n​eben isolierten Virusstämmen a​uch per Metagenomik erfasste (und hinreichend vollständige) Contigs (englisch a​uch metagenome-assembled genomes, MAGs genannt) a​us der Verwandtschaft d​er Familie Geminiviridae, beispielsweise d​ie Familie Genomoviridae.

Geplafuvirales
Gereinigtes Maize streak virus (MSV), (Geminiviridae). Maßstab 50 nm.
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Monodnaviria[1] Reich: Shotokuvirae Phylum: Cressdnaviricota Klasse: Repensiviricetes Ordnung: Geplafuvirales
Taxonomische Merkmale
Genom: (+/-)ssDNA zirkulär Baltimore: Gruppe 2 Symmetrie: ikosaedrisch/dimer-ikosaedrisch Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Geplafuvirales
Links
NCBI Taxonomy: 2732539 ICTV Taxon History: 202007375

Die Phylogenie d​er CRESS-DNA-Viren z​eigt (mit Stand April 2019) z​wei große Kladen, v​on denen d​ie erste d​ie Familien Geminiviridae, Genomoviridae u​nd die (bisher taxonomisch n​icht erfasste) Gruppe d​er CRESSV6-Viren umfasst. Das International Committee o​n Taxonomy o​f Viruses (ICTV) i​st dem 2019er Vorschlag gefolgt u​nd hat d​iese erste Klade a​ls Ordnung Geplafuvirales offiziell bestätigt.[3]

Beschreibung

Wie b​ei allen CRESS-DNA-Viren kodiert d​as Genom d​er Geplafuvirales für e​in Replikations-Initiations-Protein (Rep o​der REP) u​nd ein Kapsidprotein (Cap, CAP o​der CP).

Gemeinsames und kennzeichnendes Merkmal des REP der Geplafuvirales ist das sog. GRS-Motiv (en. Geminivirus Rep Sequence), das sich zwischen den Motiven II und III befindet und in der anderen Großklade der CRESS-DNA-Viren nicht vorkommt. Dieses Motiv ermöglicht vermutlich die räumliche Anordnung der Motive II und III im REP.[4][5][3] Im Übrigen fehlt den Geminiviridae und Genomoviridae, nicht aber CRESSV6, der Argininfinger im Helikasemotiv.[3]

Etymologie

Die Namen d​er Klasse u​nd Ordnung leiten s​ich entsprechend d​em Vorschlag a​n das ICTV v​on 2019 w​ie folgt her:[3]

• Repensiviricetes ist ein Portmanteau (Kofferwort), zusammengesetzt aus Rep-encoding single strand und der Endung -viricetes für Virusklassen.
• Geplafuvirales ist zusammengesetzt aus ge- für Gemini-/Genomo-, pla- für Pflanzen (en. plants) und fu- für Pilze (lat. fungi), -virales ist die Endung für Virusordnungen.

Systematik

Ungewurzelter Phylogenetischer Baum der CRESS-DNA-Viren nach Kazlauskas, Varsani und Krupovic (2018, Supplement).[6] Der nach rechts unten zeigende Ast entspricht den Geplafuvirales.

Aktuell (Stand 25. Juni 2021) h​at die Ordnung folgende Zusammensetzung:[1]

Ordnung Geplafuvirales

• Familie Geminiviridae
• Familie Genomoviridae
• Familie „CRESSV6-Viren“ („CRESSV6 viruses“)[3]
  alias „CRESS6“ (Vorschlag, mit provisorischen Namen)[7][6][8]
• Familie „CRESS-Rec2“ (Vorschlag, mit provisorischem Namen)[6]
• Gattung(?) „Nepavirus“ („Nepal gemini-like virus“, NepaV, teilw. verschrieben als „Nimivirus“) – wahrscheinlich in eigener Familie neben Geminiviridae.[9][10][11]

Einzelnachweise

1. ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
2. Virus Taxonomy: 2019 Release. In: talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. Abgerufen am 22. Juni 2121.
3. Mart Krupovic, Arvind Varsani, Jens H. Kuhn, D. Kazlauskas, M. Breitbart, E. Delwart, K. Rosario, N. Yutin, Y. I. Wolf, B. Harrach, F. M. Zerbini, V. V. Dolja, E. V. Koonin: Create 1 new phylum (Cressdnaviricota) including 2 classes and 6 orders for classification of CRESS-DNA viruses, Vorschlag 2019.012DA.v1.Cressdnaviricota (ZIP von docx und xlsx); April 2019
4. Tara E. Nash, Mary B. Dallas, Maria Ines Reyes, Gregory K. Buhrman, J. Trinidad Ascencio-Ibañez, Linda Hanley-Bowdoin: Functional analysis of a novel motif conserved across geminivirus Rep proteins, in: J Virol, Band 85, S. 1182–1192, PMID 21084480, PMC 3020519 (freier Volltext), doi:10.1128/JVI.02143-10
5. Arvind Varsani, Mart Krupovic: Sequence-based taxonomic framework for the classification of uncultured single-stranded DNA viruses of the family Genomoviridae, in: Virus Evol. Band 3, Nr. 1, Januar 2017, vew037, Epub 27. Februar 2017, doi:10.1093/ve/vew037, PMC PMC5399927 (freier Volltext), PMID 28458911
6. Hiroto Kaneko, Morgan Gaia, Rodrigo Hernández-Velázquez, Patrick Forterre, Curtis A. Suttle, Hiroyuki Ogata et al.: Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean, in: iScience, Band 24, Nr. 1, 22. Januar 2021, 102002, Epub 29. Dezember 2020, doi: 10.1016/j.isci.2020.102002, PMC 7811142 (freier Volltext), PMID 33490910; siehe Fig. 1(C)
7. Darius Kazlauskas, Arvind Varsani, Mart Krupovic: Pervasive Chimerism in the Replication-Associated Proteins of Uncultured Single-Stranded DNA Viruses, in: MDPI Viruses, Band 10, Nr. 4, Special Issue Viral Recombination: Ecology, Evolution and Pathogenesis, 10. April 2018, 187, doi:10.3390/v10040187; siehe auch Fig. S1 in Supplement S1 (ZIP: pdf, xlsx)
8. Lele Zhao, Karyna Rosario, Mya Breitbart, Siobain Duffy: Chapter Three - Eukaryotic Circular Rep-Encoding Single-Stranded DNA (CRESS DNA) Viruses: Ubiquitous Viruses With Small Genomes and a Diverse Host Range, in: Advances in Virus Research, Band 103, 2019, S. 71–133, doi:10.1016/bs.aivir.2018.10.001, Epub 5. Dezember 2018. Insbes. siehe Fig. 3
9. Terry Fei Fan Ng, Rachel Marine, Chunlin Wang, Peter Simmonds, Beatrix Kapusinszky, Ladaporn Bodhidatta, Bamidele Soji Oderinde, K. Eric Wommack, Eric Delwart: High variety of known and new RNA and DNA viruses of diverse origins in untreated sewage. In: J Virol., Band 6, Nr. 2), 18. Oktober 2012, S. 12161–12175. doi:10.1128/JVI.00869-12
10. NCBI: 1229325 Nepavirus (species)
11. Achim Quaiser, Mart Krupovic, Alexis Dufresne, André-Jean Francez, Simon Roux: Diversity and comparative genomics of chimeric viruses in Sphagnum-dominated peatlands, in: Virus Evolution, Band 2, Nr. 2, Juli/Oktober 2016, vew025, doi:10.1093/ve/vew025. Insbes. Fig. 3