GROMOS

GROMOS bezeichnet zum einen ein Kraftfeld, wie es zur Berechnung molekulardynamischer Simulationen benötigt wird.[1][2] Es wurde an der Universität Groningen und der ETH Zürich entwickelt. Zum anderen ist GROMOS der Name für ein Softwarepaket für molekulardynamische Simulationen, das mit diesen Kraftfeldparametern verbunden ist.[3] Die aktuelle Version trägt die Bezeichnung GROMOS96.

Das GROMOS-Kraftfeld, oder besser die Kraftfelder, da es verschiedene Versionen gibt, die sich in ihren Parametern unterscheiden, ist für die Simulation von Aminosäuren und Alkanen optimiert, ist aber auch für Proteine oder Zucker einsetzbar. Es handelt sich um ein united atom Kraftfeld, bei dem einige funktionelle Gruppen, das heißt solche mit unpolaren Wasserstoffatomen zu einer Einheit verschmolzen wurden und in der Simulation als ein Atom angesehen werden.

Siehe auch

GROMACS
MOSCITO

Einzelnachweise

C. Oostenbrink, A. Villa, A.E. Mark and W.F. van Gunsteren: "A biomolecular force field based on the free enthalpy of hydration and solvation: the GROMOS force-field parameter sets 53A5 and 53A6" Journal of Computational Chemistry 25, 2004, 1656–1676.
Lukas D. Schuler, Xavier Daura, Wilfred F. van Gunsteren: An improved GROMOS96 force field for aliphatic hydrocarbons in the condensed phase. Journal of Computational Chemistry 22 (11), August 2001, 1205–1218.
W.F. van Gunsteren, S.R. Billeter, A.A. Eising, P.H. Hünenberger, P. Krüger, A.E. Mark, W.R.P. Scott, I.G. Tironi: Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide, vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich and BIOMOS b.v.: Zürich, Groningen, 1996.

Weblinks

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[1] C. Oostenbrink, A. Villa, A.E. Mark and W.F. van Gunsteren: "A biomolecular force field based on the free enthalpy of hydration and solvation: the GROMOS force-field parameter sets 53A5 and 53A6" Journal of Computational Chemistry 25, 2004, 1656–1676.

[2] Lukas D. Schuler, Xavier Daura, Wilfred F. van Gunsteren: An improved GROMOS96 force field for aliphatic hydrocarbons in the condensed phase. Journal of Computational Chemistry 22 (11), August 2001, 1205–1218.

[3] W.F. van Gunsteren, S.R. Billeter, A.A. Eising, P.H. Hünenberger, P. Krüger, A.E. Mark, W.R.P. Scott, I.G. Tironi: Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide, vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich and BIOMOS b.v.: Zürich, Groningen, 1996.