mzXML

mzXML
Dateiendung:	.mzXML
Entwickelt von:	Seattle Proteom Center
Aktuelle Version:	3.2[1] (Stand: 8. Dezember 2010)
Erweitert zu:	mzML
	;

mzXML ist ein XML basiertes Dateiformat in der Massenspektrometrie. Es handelt sich um ein offenes Format, das Hersteller unabhängig ist. Metadaten zu den verwendeten Instrumenten werden eingebettet. Unterstützt wird Massenspektrometrie (MS), Tandem-Massenspektrometrie (MS/MS) oder (MSn), aber auch Chromatografie mit Massenspektrometrie-Kopplung oder MALDI-TOF MS. Die unterstützenden Werkzeuge wurden unter einer Open-Source-Lizenz veröffentlicht. Um bei Fließkommazahlen die Präzision zu erhalten, wird das Masse-zu-Ladung-Verhältnis und die Intensität in base64 kodiert und in das XML integriert. Die Position jedes Scans wird indiziert, was einen bei größeren Datensätzen deutlich leistungsfähigeren wahlweisen Dateizugriff ermöglicht.[2]

Kritik

Von anderen Forschungsgruppen wurde kritisiert, dass mzXML nicht das Rohdatenformat darstellt und auch keine Messdaten aufnehmen kann. mzXML sei ungeeignet für Zulassungseinreichungen, ist nicht für die Datenauswertung optimiert und bilde den Aufbau des Experiments nicht ab.[3]

Einzelnachweise

http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_3.2/
Patrick G. A. Pedrioli, Jimmy K. Eng, Robert Hubley, Mathijs Vogelzang, Eric W. Deutsch, Brian Raught, Brian Pratt, Erik Nilsson, Ruth H. Angeletti, Rolf Apweiler, Kei Cheung, Catherine E. Costello, Henning Hermjakob, Sequin Huang, Randall K. Julian, Eugene Kapp, Mark E. McComb, Stephen G. Oliver, Gilbert Omenn, Norman W. Paton, Richard Simpson, Richard Smith, Chris F. Taylor, Weimin Zhu, Ruedi Aebersold: A common open representation of mass spectrometry data and its application to proteomics research. In: Nature Biotechnology. Band 22, Nr. 11, 2004, ISSN 1546-1696, S. 1459–1466, doi:10.1038/nbt1031, PMID 15529173 (researchgate.net).
Simon M. Lin, Lihua Zhu, Andrew Q. Winter, Maciek Sasinowski, Warren A. Kibbe: What is mzXML good for? In: Expert Review of Proteomics. Band 2, Nr. 6, 2005, ISSN 1478-9450, S. 839–845, doi:10.1586/14789450.2.6.839 (researchgate.net).

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[1] ttp://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_3.2/

[2] Patrick G. A. Pedrioli, Jimmy K. Eng, Robert Hubley, Mathijs Vogelzang, Eric W. Deutsch, Brian Raught, Brian Pratt, Erik Nilsson, Ruth H. Angeletti, Rolf Apweiler, Kei Cheung, Catherine E. Costello, Henning Hermjakob, Sequin Huang, Randall K. Julian, Eugene Kapp, Mark E. McComb, Stephen G. Oliver, Gilbert Omenn, Norman W. Paton, Richard Simpson, Richard Smith, Chris F. Taylor, Weimin Zhu, Ruedi Aebersold: A common open representation of mass spectrometry data and its application to proteomics research. In: Nature Biotechnology. Band 22, Nr. 11, 2004, ISSN 1546-1696, S. 1459–1466, doi:10.1038/nbt1031, PMID 15529173 (researchgate.net).

[3] Simon M. Lin, Lihua Zhu, Andrew Q. Winter, Maciek Sasinowski, Warren A. Kibbe: What is mzXML good for? In: Expert Review of Proteomics. Band 2, Nr. 6, 2005, ISSN 1478-9450, S. 839–845, doi:10.1586/14789450.2.6.839 (researchgate.net).