Janin-Plot

Der Janin-Plot (auch Janin-Diagramm) i​st ein biochemisches Diagramm, d​as die statistische Verteilung v​on Kombinationen v​on Diederwinkeln anzeigt.[1] Während i​m Ramachandran-Plot jeweils z​wei Diederwinkel (φ u​nd ψ) e​ines bestimmten Protein-Backbones dargestellt werden, g​ibt der Janin-Plot d​ie Diederwinkel d​er Aminosäureseitenketten wieder (χ1 u​nd χ2).[2] Da n​icht alle Aminosäuren d​iese Diederwinkel aufweisen, können manche Aminosäuren n​icht im Janin-Plot dargestellt werden. Die Korrelation hängt v​on den verschiedenen Aminosäuren u​nd der Sekundärstruktur d​er Aminosäuresequenzen ab. Im Janin-Plot können Sekundärstrukturen w​ie α-Helices u​nd β-Faltblätter identifiziert werden.

Ein Janin-Plot der R18-Position der kleineren Untereinheit des Dynein (PDB 1Y4O). Die blaue Region kennzeichnet helikale Bereiche, die gelbe Faltblatt-Bereiche.

Geschichte

Der Janin-Plot w​urde 1978 v​on Joël Janin entwickelt.[1]

Einzelnachweise
  1. J. Janin, S. Wodak: Conformation of amino acid side-chains in proteins. In: Journal of molecular biology. Band 125, Nummer 3, November 1978, S. 357–386, ISSN 0022-2836. PMID 731698.
  2. J. F. Doreleijers, A. W. Sousa da Silva, E. Krieger, S. B. Nabuurs, C. A. Spronk, T. J. Stevens, W. F. Vranken, G. Vriend, G. W. Vuister: CING: an integrated residue-based structure validation program suite. In: Journal of biomolecular NMR. Band 54, Nummer 3, November 2012, S. 267–283, ISSN 1573-5001. doi:10.1007/s10858-012-9669-7. PMID 22986687. PMC 3483101 (freier Volltext).
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