Chemistry Development Kit

Das Chemistry Development Kit (CDK) i​st eine freie Open-Source-Software-Bibliothek für Bio- u​nd Chemoinformatik. Sie w​urde erstmals a​m 11. Mai 2001 v​on Christoph Steinbeck, Egon Willighagen u​nd Dan Gezelter vorgestellt.

Chemistry Development Kit
Basisdaten
Entwickler Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter
Aktuelle Version 2.3[1]
(9. August 2019)
Programmiersprache Java
Kategorie Chemoinformatik
Lizenz GNU LGPL
deutschsprachig nein
cdk.github.io

Das CDK i​st in Java geschrieben. Es bietet Funktionalitäten u​m eigene Chemie-Software z​u schreiben.[2] Damit können chemische Formeln eingegeben werden, molekulare Modellierung (2-D- u​nd 3-D-Rendern) durchgeführt u​nd quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehungen dargestellt werden.[3] Die Auszeichnungssprache Chemical Markup Language, MDL Molfile s​owie die Simplified Molecular Input Line Entry Specification u​nd International Chemical Identifiers werden unterstützt.[4] Mit d​em CDK können Algorithmen für chemische Graphentheorie geschrieben werden.

Die Bibliothek k​ann in Microsoft Excel (LICSS)[5], d​ie statistische Programmiersprache R[6], d​ie Statistik-Software KNIME[7], Apache Taverna[8] u​nd Bioclipse eingebunden werden. Innerhalb v​on OpenChrom w​ird sie z​ur Darstellung v​on identifizierten Substanzen verwendet.[9]

Literatur
  • Christoph Steinbeck u. a.: The Chemistry Development Kit (CDK). an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics. In: Journal of chemical information and computer sciences. Band 43, Nr. 2. American Chemical Society, Washington D.C. 2003, S. 493–500, PMC 12653513 (freier Volltext).

Einzelnachweise
  1. Release 2.3. 9. August 2019 (abgerufen am 9. August 2019).
  2. Edgar Luttmann: Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht. In: Nachrichten aus der Chemie. Band 51, Nr. 1. Wiley-VCH, Weinheim 2003, S. 40–42, doi:10.1002/nadc.20030510117.
  3. M. Guangli, C. Yiyu: Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit. In: Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences. Band 9, Nr. 2. The Society, Edmonton 2006, S. 210, PMC 16959190 (freier Volltext).
  4. O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen: Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse. In: Journal of cheminformatics. Band 5, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2013, S. 5–14, PMC 23497723 (freier Volltext).
  5. Kevin R. Lawson, Jonty Lawson: LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel. In: Journal of cheminformatics. Band 4, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2012, S. 3, PMC 3310842 (freier Volltext).
  6. Rajarshi Guha: Chemical informatics functionality in R. In: Journal of Statistical Software. Band 18, Nr. 5, 2007, S. 1–16 (online).
  7. Stephan Beisken u. a.: KNIME-CDK. Workflow-driven cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 14, Nr. 1. BioMed Central, London 2013, S. 257, PMC 3765822 (freier Volltext).
  8. Thomas Kuhn, Egon L Willighagen, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck: CDK-Taverna. an open workflow environment for cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1. BioMed Central, London 2010, S. 159, PMC 2862046 (freier Volltext).
  9. OpenChrom CDK plugin. In: GitHub. Lablicate, abgerufen am 19. März 2021 (englisch).
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