SSCP

Unter SSCP (englisch single strand conformation polymorphism) versteht man ein molekulares Nachweisverfahren, welches die Zusammensetzung und Veränderung von mikrobiellen Lebensgemeinschaften charakterisiert.[1][2] Sie zählt zu den „DNA-Fingerprint“-Methoden.

Prinzip

Ablauf: Mit einer Probe wird eine DNA-Extraktion vorgenommen, wodurch die DNA der Lebensgemeinschaft erhalten wird. Mit dieser wird eine Polymerase-Kettenreaktion mit universellen Primern für die 16S-rDNA durchgeführt.[3] Hierbei handelt es sich auf der einen Seite um einen universellen Rückwärtsprimer mit Phosphatgruppe und auf der anderen Seite um einen universellen Vorwärtsprimer. Die in der PCR entstandenen DNA-Doppelstränge werden mit einer Lambda-Exonuklease verdaut, so dass nur noch DNA-Einzelstränge ohne Phosphatgruppe übrig bleiben. Mit den Einzelsträngen findet nun eine Gelelektrophorese statt. Nach Anfärben (z. B. per Silberfärbung) der DNA im Gel können einzelne Banden aus dem Gel ausgeschnitten, kloniert und sequenziert werden.

Vorteile von molekularen „Fingerprint“-Methoden:

Möglichkeit der simultanen Analyse von einer großen Anzahl an Proben
Komplexe Populationsdynamiken von Mikroorganismen können erfasst werden

Nachteil von molekularen „Fingerprint“-Methoden:

Es werden nur Mikroorganismengruppen erfasst, deren DNA-Anteil über 10 % der originalen Probe ausmacht

Einzelnachweise

A. Schmalenberger, C. C. Tebbe: Profiling the diversity of microbial communities with single-strand conformation polymorphism (SSCP). In: Methods in molecular biology. Band 1096, 2014, S. 71–83, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-62703-712-9_6. PMID 24515361.
P. Kozlowski, W. J. Krzyzosiak: Economical protocol for combined single-strand conformation polymorphism and heteroduplex analysis on a standard capillary electrophoresis apparatus. In: Methods in molecular biology. Band 653, 2010, S. 181–192, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-60761-759-4_10. PMID 20721743.
S. R. Hiibel, A. Pruden, B. Crimi, K. F. Reardon: Active community profiling via capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism analysis of amplified 16S rRNA and 16S rRNA genes. In: Journal of microbiological methods. Band 83, Nummer 3, Dezember 2010, S. 286–290, ISSN 1872-8359. doi:10.1016/j.mimet.2010.10.002. PMID 20940021.

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[1] A. Schmalenberger, C. C. Tebbe: Profiling the diversity of microbial communities with single-strand conformation polymorphism (SSCP). In: Methods in molecular biology. Band 1096, 2014, S. 71–83, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-62703-712-9_6. PMID 24515361.

[2] P. Kozlowski, W. J. Krzyzosiak: Economical protocol for combined single-strand conformation polymorphism and heteroduplex analysis on a standard capillary electrophoresis apparatus. In: Methods in molecular biology. Band 653, 2010, S. 181–192, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-60761-759-4_10. PMID 20721743.

[3] S. R. Hiibel, A. Pruden, B. Crimi, K. F. Reardon: Active community profiling via capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism analysis of amplified 16S rRNA and 16S rRNA genes. In: Journal of microbiological methods. Band 83, Nummer 3, Dezember 2010, S. 286–290, ISSN 1872-8359. doi:10.1016/j.mimet.2010.10.002. PMID 20940021.