openBIS

OpenBIS
Basisdaten
Entwickler	ETH Zürich
Betriebssystem	plattformunabhängig
Programmiersprache	Java und Python
Kategorie	ELN-LIMS
Lizenz	Apache 2.0
	openbiz.ch

openBIS (open Biology Information System) ist ein von der ETH Zürich entwickeltes quelloffenes Datenverwaltungswerkzeug, das den gesamten Datenlebenszyklus von der Projektaufnahme über die Datenproduktion und -analyse bis hin zur Bereitstellung der wissenschaftlichen Daten für die Öffentlichkeit samt Langzeitarchivierung unterstützt. Damit können die Anforderung von Open Science Initiativen erfüllt und Zeitersparnisse für die Wissenschaftler erreicht werden. Wichtiger Bestandteil hierfür ist das integrierte elektronische Laborbuch, das mit einem Modulsystem stark an die Bedürfnisse der jeweiligen Arbeitsgruppe angepasst werden kann.[1] Die Software ist plattformunabhängig in Java und Python implementiert und wird unter der Apache Software License 2.0 veröffentlicht. Als Datenbank wird PostgreSQL eingesetzt.[2]

Einzelnachweise

Caterina Barillari, Diana S. M. Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, Fabian Rudolf: openBIS ELN-LIMS: an open-source database for academic laboratories. In: Bioinformatics (Oxford, England). Band 32, Nr. 4, 2016, ISSN 1367-4811, S. 638–640, doi:10.1093/bioinformatics/btv606, PMID 26508761.
Angela Bauch, Izabela Adamczyk, Piotr Buczek, Franz-Josef Elmer, Kaloyan Enimanev, Pawel Glyzewski, Manuel Kohler, Tomasz Pylak, Andreas Quandt, Chandrasekhar Ramakrishnan, Christian Beisel, Lars Malmström, Ruedi Aebersold, Bernd Rinn: openBIS: a flexible framework for managing and analyzing complex data in biology research. In: BMC Bioinformatics. Band 12, Nr. 1, 2011, ISSN 1471-2105, S. 468, doi:10.1186/1471-2105-12-468, PMID 22151573.

Weblinks

offizielle Website
OpenBIS bei GitLab

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[1] Caterina Barillari, Diana S. M. Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, Fabian Rudolf: openBIS ELN-LIMS: an open-source database for academic laboratories. In: Bioinformatics (Oxford, England). Band 32, Nr. 4, 2016, ISSN 1367-4811, S. 638–640, doi:10.1093/bioinformatics/btv606, PMID 26508761.

[2] Angela Bauch, Izabela Adamczyk, Piotr Buczek, Franz-Josef Elmer, Kaloyan Enimanev, Pawel Glyzewski, Manuel Kohler, Tomasz Pylak, Andreas Quandt, Chandrasekhar Ramakrishnan, Christian Beisel, Lars Malmström, Ruedi Aebersold, Bernd Rinn: openBIS: a flexible framework for managing and analyzing complex data in biology research. In: BMC Bioinformatics. Band 12, Nr. 1, 2011, ISSN 1471-2105, S. 468, doi:10.1186/1471-2105-12-468, PMID 22151573.