MIAPE

MIAPE (englisch Minimum Information About a Proteomics Experiment ‚minimale Information über ein Proteomik-Experiment‘) ist ein Qualitätsstandard für Proteomik-Experimente.[1]

Eigenschaften

MIAPE wurde ab 2006 von der Proteomics Standards Initiative der Human Proteome Organization (HUPO) entwickelt.[2] Durch MIAPE wird der Umfang notwendiger Informationen für die Reproduzierbarkeit von Experimenten aus dem Bereich Proteomik definiert.[3] Das verwendete Ausgabeformat ist nicht durch MIAPE definiert, sondern durch die Proteomics Standard Initiative (im *ML-Format).[4] Die Durchführung der Experimente ist nicht definiert.[5] Es existieren verschiedene Programme zur Darstellung und Bearbeitung von MIAME-Daten. Die von MIAPE erfassten Bereiche von Methoden sind Gelelektrophorese, Probenvorbereitung, Massenspektrometrie, Molekülinteraktionen und Allgemeines. Daten aus Microarray-Experimenten werden dagegen nach dem MIAME-Standard erzeugt,[6] medizinische Diagnosen nach dem STARD-Standard.[7] MIAPEGelDB, PRIDE und ProteoRed MIAPE Generator sind Datenbanken für MIAPE-Daten.[8]

Weblinks

MIAPE Homepage. Abgerufen am 25. Juni 2014.

Einzelnachweise

C. F. Taylor: Minimum reporting requirements for proteomics: a MIAPE primer. In: Proteomics. Band 6 Suppl 2, September 2006, S. 39–44, ISSN 1615-9861. doi:10.1002/pmic.200600549. PMID 17031795.
C. F. Taylor, N. W. Paton, K. S. Lilley, P. A. Binz, R. K. Julian, A. R. Jones, W. Zhu, R. Apweiler, R. Aebersold, E. W. Deutsch, M. J. Dunn, A. J. Heck, A. Leitner, M. Macht, M. Mann, L. Martens, T. A. Neubert, S. D. Patterson, P. Ping, S. L. Seymour, P. Souda, A. Tsugita, J. Vandekerckhove, T. M. Vondriska, J. P. Whitelegge, M. R. Wilkins, I. Xenarios, J. R. Yates, H. Hermjakob: The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE). In: Nature Biotechnology. Band 25, Nummer 8, August 2007, S. 887–893, ISSN 1087-0156. doi:10.1038/nbt1329. PMID 17687369.
S. Martínez-Bartolomé, P. A. Binz, J. P. Albar: The Minimal Information about a Proteomics Experiment (MIAPE) from the Proteomics Standards Initiative. In: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). Band 1072, 2014, S. 765–780, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-62703-631-3_53. PMID 24136562.
H Hermjakob: The HUPO Proteomics Standards Initiative - Overcoming the fragmentation of Proteomics Data. In: Practical Proteomics. 6, Nr. S2, 2006, S. 34–38. doi:10.1002/pmic.200600537. PMID 17031794.
Chris Taylor: Minimum Reporting Requirements for Proteomics: A MIAPE Primer. In: Practical Proteomics. 6, Nr. S2, 2006, S. 39–44. doi:10.1002/pmic.200600549. PMID 17031795.
Alvis Brazma, Pascal Hingamp, John Quackenbush, Gavin Sherlock, Paul Spellman, Chris Stoeckert, John Aach, Wilhelm Ansorge, Catherine A. Ball, Helen C. Causton, Terry Gaasterland, Patrick Glenisson, Frank C.P. Holstege, Irene F. Kim, Victor Markowitz, John C. Matese, Helen Parkinson, Alan Robinson, Ugis Sarkans, Steffen Schulze-Kremer, Jason Stewart, Ronald Taylor, Jaak Vilo, Martin Vingron: Minimum information about a microarray experiment (MIAME)—toward standards for microarray data. In: Nat Genet. 29, Nr. 4, Dezember 2001, ISSN 1061-4036, S. 365–371. doi:10.1038/ng1201-365. PMID 11726920.
Patrick M. Bossuyt, Johannes B. Reitsma, David E. Bruns, Constantine A. Gatsonis, Paul P. Glasziou, Les M. Irwig, David Moher, Drummond Rennie, Henrica C.W. de Vet, Jeroen G. Lijmer: The STARD Statement for Reporting Studies of Diagnostic Accuracy: Explanation and Elaboration. In: Clin Chem. 49, Nr. 1, 1. Januar 2003, S. 7–18. doi:10.1373/49.1.7. PMID 12507954. Abgerufen am 13. Januar 2009.
J. A. Medina-Aunon, S. Martínez-Bartolomé, M. A. López-García, E. Salazar, R. Navajas, A. R. Jones, A. Paradela, J. P. Albar: The ProteoRed MIAPE web toolkit: a user-friendly framework to connect and share proteomics standards. In: Molecular & cellular proteomics : MCP. Band 10, Nummer 10, Oktober 2011, S. M111.008334, ISSN 1535-9484. doi:10.1074/mcp.M111.008334. PMID 21983993. PMC 3205864 (freier Volltext).

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[1] C. F. Taylor: Minimum reporting requirements for proteomics: a MIAPE primer. In: Proteomics. Band 6 Suppl 2, September 2006, S. 39–44, ISSN 1615-9861. doi:10.1002/pmic.200600549. PMID 17031795.

[2] C. F. Taylor, N. W. Paton, K. S. Lilley, P. A. Binz, R. K. Julian, A. R. Jones, W. Zhu, R. Apweiler, R. Aebersold, E. W. Deutsch, M. J. Dunn, A. J. Heck, A. Leitner, M. Macht, M. Mann, L. Martens, T. A. Neubert, S. D. Patterson, P. Ping, S. L. Seymour, P. Souda, A. Tsugita, J. Vandekerckhove, T. M. Vondriska, J. P. Whitelegge, M. R. Wilkins, I. Xenarios, J. R. Yates, H. Hermjakob: The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE). In: Nature Biotechnology. Band 25, Nummer 8, August 2007, S. 887–893, ISSN 1087-0156. doi:10.1038/nbt1329. PMID 17687369.

[3] S. Martínez-Bartolomé, P. A. Binz, J. P. Albar: The Minimal Information about a Proteomics Experiment (MIAPE) from the Proteomics Standards Initiative. In: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). Band 1072, 2014, S. 765–780, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-62703-631-3_53. PMID 24136562.

[fragmentation-4] H Hermjakob: The HUPO Proteomics Standards Initiative - Overcoming the fragmentation of Proteomics Data. In: Practical Proteomics. 6, Nr. S2, 2006, S. 34–38. doi:10.1002/pmic.200600537. PMID 17031794.

[5] Chris Taylor: Minimum Reporting Requirements for Proteomics: A MIAPE Primer. In: Practical Proteomics. 6, Nr. S2, 2006, S. 39–44. doi:10.1002/pmic.200600549. PMID 17031795.

[6] Alvis Brazma, Pascal Hingamp, John Quackenbush, Gavin Sherlock, Paul Spellman, Chris Stoeckert, John Aach, Wilhelm Ansorge, Catherine A. Ball, Helen C. Causton, Terry Gaasterland, Patrick Glenisson, Frank C.P. Holstege, Irene F. Kim, Victor Markowitz, John C. Matese, Helen Parkinson, Alan Robinson, Ugis Sarkans, Steffen Schulze-Kremer, Jason Stewart, Ronald Taylor, Jaak Vilo, Martin Vingron: Minimum information about a microarray experiment (MIAME)—toward standards for microarray data. In: Nat Genet. 29, Nr. 4, Dezember 2001, ISSN 1061-4036, S. 365–371. doi:10.1038/ng1201-365. PMID 11726920.

[7] Patrick M. Bossuyt, Johannes B. Reitsma, David E. Bruns, Constantine A. Gatsonis, Paul P. Glasziou, Les M. Irwig, David Moher, Drummond Rennie, Henrica C.W. de Vet, Jeroen G. Lijmer: The STARD Statement for Reporting Studies of Diagnostic Accuracy: Explanation and Elaboration. In: Clin Chem. 49, Nr. 1, 1. Januar 2003, S. 7–18. doi:10.1373/49.1.7. PMID 12507954. Abgerufen am 13. Januar 2009.

[8] J. A. Medina-Aunon, S. Martínez-Bartolomé, M. A. López-García, E. Salazar, R. Navajas, A. R. Jones, A. Paradela, J. P. Albar: The ProteoRed MIAPE web toolkit: a user-friendly framework to connect and share proteomics standards. In: Molecular & cellular proteomics : MCP. Band 10, Nummer 10, Oktober 2011, S. M111.008334, ISSN 1535-9484. doi:10.1074/mcp.M111.008334. PMID 21983993. PMC 3205864 (freier Volltext).