Galaxy (Bioinformatik)

Galaxy ist eine webbasierte Open-Source-Software aus dem Bereich der Bioinformatik für rechenintensive biomedizinische Forschung.[1] Galaxy richtet sich hierbei vor allem an Forscher, die über keine oder nur sehr geringe Programmiererfahrungen verfügen.[2] Die Plattform wurde und wird von der Pennsylvania State University, von der Emory University und von Freiwilligen weltweit in der Programmiersprache Python entwickelt.

Funktionsweise

Galaxy stellt sogenannte "Workflows" zur Verfügung. Ein Workflow bezeichnet hierbei eine Aufgabe, welche aus verschiedenen Schritten besteht und kann mit einem Kochrezept verglichen werden. In Galaxy ist jeder Arbeitsschritt ein sogenanntes "Tool". Workflows stellen üblicherweise eine graphische Oberfläche zur Verfügung, welche dem Benutzer darin assistiert die geeigneten Daten, die geeigneten Tools und die richtige Reihenfolge der Anwendung dieser Tools auszuwählen. Galaxy ist auch eine Plattform zur Datenintegration von biologischen Daten. Die Plattform unterstützt das Hochladen von Daten und verarbeitet auch Daten anderer Quellen, wie zum Beispiel Daten des UCSC Genome Browsers, BioMart oder InterMine. Galaxy unterstützt viele verschiedene Datenformate der Bioinformatik.[3]

Nutzungsmöglichkeiten

Es existiert e​ine öffentliche u​nd von Jedem benutzbare Instanz, welche v​om Galaxy-Projekt unterstützt wird.[4] Diese Instanz beinhaltet e​ine Vielzahl verschiedener Tools u​nd Workflows, d​ie sich i​m Bereich d​er Genom-Analyse a​ls nützlich erwiesen haben. Neben d​er Nutzung dieses Servers besteht jedoch a​uch die Möglichkeit v​iele andere öffentlich verfügbare Instanzen z​u benutzen.[5] Diese setzen unterschiedliche Schwerpunkte, w​obei je n​ach Server a​uch verschiedene Tools vorinstalliert sind. Da Galaxy Open-Source ist, besteht a​uch die Möglichkeit e​ine lokale Instanz z​u betreiben.

Referenzen
  1. The Galaxy Project: Online bioinformatics analysis for everyone
  2. Jeremy Goecks, Anton Nekrutenko, James Taylor: Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences. In: Genome Biol. 2010; 11(8): R86. doi:10.1186/gb-2010-11-8-r86 PMC 2945788 (freier Volltext)
  3. Galaxy Wiki: Learn/Datatypes
  4. Galaxy (Memento des Originals vom 14. März 2013 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/main.g2.bx.psu.edu
  5. Galaxy Wiki: PublicGalaxyServers
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