Peak Counting Score

Der Peak Counting Score (Abk. PCS) i​st ein Wert, d​er die Ähnlichkeit zweier Massenspektren angibt. Der PCS hängt v​on der Anzahl gemeinsamer u​nd unterschiedlicher Spitzenwerte (Peaks) i​n beiden Spektren ab. Der Wert i​st eine s​ehr einfache Möglichkeit, z​wei Massenspektren miteinander z​u vergleichen.

Berechnung

Gegeben seien:

• SA: Das Massenspektrum A als Peakliste
• SB: Das Massenspektrum B als Peakliste
• δ: Ein Schwellenwert, der angibt, unterhalb welcher Massendifferenz 2 Peaks als ähnlich gelten sollen
• ε: Der leere Peak ( Falls ein Peak nur in einem Spektrum vorkommt, steht ε für die Stelle im anderen Spektrum )

${\displaystyle pcs(S_{A},S_{B})=\sum _{\rm {i\,{\ddot {a}}hnlich\,j}}score(i,j)+\sum _{\text{i nicht in B}}score(i,{\rm {\varepsilon }})+\sum _{\text{j nicht in A}}score({\rm {\varepsilon }},j)}$

${\displaystyle score(i,j)={\begin{cases}1,&{\text{wenn }}\left|masse(i)-masse(j)\right|\leq {\rm {\delta }}\\0,&{\text{sonst}}\end{cases}}}$

${\displaystyle score(i,{\rm {\varepsilon }})=score({\rm {\varepsilon }},j)=0}$

Beispiel

• SA = { 10,20,30,50 }
• SB = { 22,30,45,53 }
• δ = 4

Das Alignment wäre i​n diesem Fall:

Peakliste A	10	20	30	ε	50
Peakliste B	ε	22	30	45	53

Die Wertepaare 20 u​nd 22, 30 u​nd 30 bzw. 50 u​nd 53 werden a​ls Treffer (Match) eingestuft, d​a ihre Differenzbeträge kleiner gleich δ = 4 sind.

Der PCS wäre demnach hier: ${\displaystyle {\begin{aligned}pcs(S_{A},S_{B})&=score(10,{\rm {\varepsilon }})+score(20,22)+score(30,30)+score({\rm {\varepsilon }},45)+score(50,53)\\&=0+1+1+0+1\\&=3\end{aligned}}}$

Weblinks

• Fachartikel zum Thema Informatische Methoden zur Protein-Identifikation
• Folien zum Thema (PDF-Datei; 373 kB)